天主教本来是欧洲中世纪封建制度一个基本组成部分。西班牙和葡萄牙都是信奉天主教（旧教）的国家。而且在王权取得胜利的西班牙，“教会已成为专制*体的最牢固的工具”。西班牙王实际上是天主教会的最高首脑，直接控制教会。也就是说，国家机器和教会组织实质上是合二而一的。西班牙封建专制主义的这一特点决定了天主教会在殖民地*治生活中起着特殊的作用。葡萄牙的情况同西班牙大致相似。因此，西、葡在拉丁美洲的殖民制度可以说是王权和教权相结合的天主教殖民制度。
这是拉丁美洲殖民地不同于由新教统治的一些殖民地的一个重要特征。天主教会在美洲殖民地一开始就具有双重的职能，既是宗教的，又是*治的。福斯特在《美洲*治史纲》中指出:“在征服与掠夺美洲殖民地的时候，各种教派的教会具有两重特殊任务:第它提供了一张精神上的和宗教上的布幕，用以掩盖全部殖民生活过程中的野蛮行为；第二，它用统治阶级所提倡的麻痹人的宗教来征服人民的心，软化他们的抵抗。”为了执行这双重职能，西、葡都在殖民地建立了一套庞大的教会系统，作为殖民专制统治体系的一个重要组成部分。在西班牙美洲，与总督和检审庭的行*组织平行地设置了一套复杂的教阶制度。在16世纪时，共有5个大主教区和27个主教区。到殖民地末期，增至10个大主教区和38个主教区。
大主教和主教都由国王直接任命，听命于国王。教会的显贵人物正式被授予官职。大主教在殖民地是仅次于总督的重要人物。有时代行总督职权。各类教派在殖民地到处建立众多的教堂、修道院和寺院，拥有数以万计的神甫、僧侣和修道士。在巴西，设立了一个大主教区和四个主教区（后主教区增至10个）。其权势与西班牙美洲的教会相同。这一支由神职人员组成的十字*，甚至比世俗的专制官僚机器对殖民地人民的统治更有成效。在*治上，它是统治殖民地人民的一把杀人不见血的软刀子，用宗教法庭特别是异端裁判所残酷镇压人民；在经济上，它是殖民地最大的地主和剥削者，一般拥有殖民地全部土地的三分之一，在文化教育方面，它是殖民地的唯一的精神统治者，公开宣扬“黑人是为着做奴隶而生”的奴隶主哲学。
天主教会进行殖民统治的一种特殊组织形式，是所谓传教会制度。为了对付难以用武力征服的印第安人，天主教会就以传教的方式，在一些地区（主要是边远地区）建立独立的教会管辖区和教会村落，进行神权统治。这种传教会盛行于巴拉圭、乌拉圭、阿根廷北部、墨西哥和巴西南部等地。其中以耶稣会从年开始在巴拉圭亚松森创建的传教会中心最为著名，到18世纪中，在当地建立了近30个归化区（reducciones），统治着约15万瓜拉尼印第安人，历时近两个世纪。这些传教区拥有自己的*队和教会法庭，占有广达数千平方英里的耕地和牧场，利用印第安人原始公社制的形式，建立起一套神权专制，把*治、经济、宗教合为一体，组织印第安人的廉价劳动力，建立起巨大的种植场和各种工场，搜刮和生产了大量的财富。
到年耶稣会被逐出殖民地时为止，耶穌会教士在西班牙美洲统治和剥削了总计约七十多万印第安人在巴西，耶稣会的势力及其所起的作用比在西班牙美洲还更大，是深人内陆进行殖民征服的一支最重要的力量。殖民征服的主要目的是掠夺殖民地的财富。埃尔南多·科尔特斯踏上古巴的土地时说过一句很典型的话:“我是来搞*金的，不是来当农民耕种土地的。”这一语道破了西班牙殖民者的罪恶目的。在最初，掠夺财富是以抢劫、勒索、盗窃等方式进行的，是极其原始的，纯粹掠夺性的。
这种殖民劫掠方式不论在任何地方都不能维持长久。“但是要能够劫掠，就要有可以劫掠的东西，因而就要有生产。而劫掠方式本身又决定于生产方式。”这是马克思主义的一个基本观点。在殖民初期，不论在西班牙美洲和巴西都没有发现金银矿藏，而那里的土地却是极其辽阔的，原著居民是现成的。因此，如何占有殖民地的土地和剥削印第安人的劳动力，就成为早期殖民者统治殖民地所面临的重要的问题。
西、葡在美洲建立的剥削当地原著居民的殖民制度，是经过相当长的时期逐步建立起来的，同时也是受西、葡两国本身的生产方式所决定的。当哥伦布等殖民冒险家占有西印度群岛以后，就把岛上的土地和土著民居民作为自己的战利品加以随意支配。年，根据西班牙殖民者的请求，西班牙王授权哥伦布把圣多明各岛上的土地分配给每个殖民者。
后来，这种强占印第安人土地分配给殖民者的办法，随着殖民征服的扩大推广到了西班牙美洲各地当科尔特斯征服墨西哥之后，得到了包括22个市镇的大片土地的赏赐”，这片土地面积不少于平方英里，住有印第安人。皮萨罗在秘鲁得到了差不多相同的土地“赏赐”。较次的头目得到上千英亩的土地。一般随从得到到英亩的骑兵份地（caballerias）甚至普通士兵都分得50-60公顷的份地（peonias）。从上到下，莫不有赏。这种封建赏赐形式的土地占有制度，是拉丁美洲大地产制的最初的起源。